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AXES ET THÈMES DE RECHERCHE

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Axe 1

AXE 1 - Gestion à la ferme et qualité du lait

Responsables d'axe : Elsa Vasseur (U. McGill) et Pierre Lacasse (AAC)

Évaluation de l'impact des conditions d'élevage et de l'environnement sur la pression d'infection, la résistance et la résilience des animaux, leur bien-être et, ultimement, sur la quantité de lait produite et les caractéristiques du lait.

Thème 1 - Populations microbiennes et pression d’infection

  • Évaluer les conditions d’élevage affectant la charge de microorganismes dans l’environnement et la présence de microorganismes pathogènes pour les animaux et/ou les humains.

  • Élucider, à l’aide d’approches alliant épidémiologie, intelligence artificielle et microbiologie moléculaire, les liens entre gestion de ferme, dynamique des populations microbiologiques à l’intérieur de l’élevage et qualité du lait.

Thème 2 - Robustesse et résilience des animaux aux infections

 

  • Identifier les mécanismes physiologiques, immunologiques et génétiques par lesquels l’animal à la capacité de résister (robustesse) aux infections et/ou de mitiger leurs effets négatifs (résilience).

  • Élaborer des molécules immunostimulantes, des vaccins et des approches de gestion de l’alimentation et de l’élevage permettant de renforcer la résistance et la robustesse des animaux face aux infections.

Thème 3 - Bien-être animal

  • Identifier les mécanismes comportementaux, physiologiques et génétiques par lesquels l’animal à la capacité de tirer le meilleur parti des conditions d’élevage et de mitiger les stress qui y sont associés.

  • Élaborer des pratiques de gestion novatrices permettant de maximiser le bien-être des animaux de tous les animaux élevés en ferme laitière.    

AXE 2 - Gestion des agents pathogènes

Responsables d'axe : François Maloin (U. de Sherbrooke) et Juan Carlos Arango Sabogal (U. de Montréal)

Détection, caractérisation et les méthodes de contrôle des agents pathogènes ainsi que les mesures de biosécurité qui y sont associées, afin de réduire leurs impacts négatifs sur la santé des animaux, le microbiote et l’innocuité du lait.

Thème 1 - Détection et caractérisation des agents pathogènes

  • Développer ou améliorer des outils de diagnostic permettant une identification rapide et précise des microorganismes pathogènes.

  • Développer à l’aide de méthodes d’intelligence artificielle des modèles prédictifs permettant une identification rapide et automatisée des animaux ou troupeaux possiblement infectés et/ou malades.

  • Caractériser les facteurs de virulence et le profil génétique des microorganismes affectant la qualité du lait, la santé et le bien-être des animaux afin de mieux comprendre les processus permettant leur établissement, leur persistance et leur transmission.

Thème 2 - Biosécurité

  • Identifier les conditions d’élevage qui réduisent la transmission et favorisent l’élimination des microorganismes pathogènes dans un troupeau (biosécurité interne).

  • Identifier les pratiques de biosécurité clés pour prévenir l’introduction des microorganismes pathogènes dans un troupeau, incluant les microorganismes émergents et/ou à potentiel zoonotique (biosécurité externe). 

Thème 3 - Alternatives aux traitements conventionnels

  • Identifier des molécules, microorganismes (p. ex., bactériophages) ou populations de microorganismes (p. ex., probiotiques) efficaces pour la prévention ou le contrôle des infections et qui pourront remplacer les antibiotiques conventionnels en production laitière, afin de prévenir la propagation de la résistance aux antibiotiques.

  • Évaluer l’effet des stratégies de contrôle des infections sur la composition et le microbiote du lait par des approches biochimiques, microbiologiques et de métagénomique.     

Axe 2

AXE 3 - Caractéristiques microbiologiques et physico-chimiques du lait

Responsable d'axe : Denis Roy (U. Laval)

Élucider les interactions complexes entre pratiques à la ferme, dynamiques microbiennes et caractéristiques intrinsèques du lait.

Thème 1 - Caractérisation microbiologique du lait

  • Déterminer la diversité des populations microbiennes (p. ex., parasites, bactéries, bactériophages, microorganismes en biofilm, microorganismes secondaires) présentes dans le lait depuis son origine à la ferme jusqu’à son traitement en usine.

  • Étudier la prévalence de microorganismes en émergence, de même que les altérations de l’équilibre des populations de microorganismes du lait pouvant moduler la qualité des produits laitiers transformés.

Thème 2 - Influence de l’alimentation animale sur les caractéristiques du lait

  • Étudier l’impact de l’alimentation des animaux sur les arômes, la saveur et la stabilité oxydative du lait.

  • Étudier l’effet de l’alimentation des animaux sur la modulation de ces composantes.   

Thème 3 - Influence de diverses pratiques agricoles sur la qualité du lait

  • Établir les liens entre les pratiques à la ferme telles que la gestion des litières, les approches de croisement génétique et l'adoption de systèmes de traite automatisée, et les qualités intrinsèques du lait comme ses caractéristiques microbiologiques, sa composition en macro et micronutriments, son profil en acide gras, sa stabilité et sa durée de conservation.

Axe 3
Axe 3
Brouillard et Nature

AXE 4 - Production laitière durable

Responsable d'axe : Véronique Ouellet (U. Laval)

Développement et mise en place de pratiques visant une production laitière durable, efficiente, faisant un usage optimal des ressources, respectueuse de l’environnement et résiliente aux changements climatiques.

Thème 1 - Contrôle des impacts environnementaux, sociétaux et économiques

  • Développer des approches de gestion novatrices permettant de réduire l’utilisation et/ou de mitiger les effets négatifs sur l’environnement de certains intrants utilisés en production laitière.

  • Étudier l’automatisation des fermes, l’utilisation d’outils de précision et l’utilisation de l’intelligence artificielle afin de répondre au manque de main d’œuvre agricole et d’optimiser les performances des fermes laitières.

Thème 2 - Efficience des systèmes de production

  • Proposer des approches de gestion novatrices permettant d’optimiser la production et la qualité du lait par unité animale, surface agricole, quantité d’eau utilisée.

  • Étudier des approches dites d’économie circulaire, permettant une gestion optimisée des ressources afin de préserver et régénérer les écosystèmes.

  • Développer des designs d’étable et des modèles d’utilisation des pâturages permettant d’optimiser la production et la qualité du lait tout en préservant les écosystèmes.

Thème 3 - Adaptation aux changements climatiques

  • Proposer des stratégies environnementales, alimentaires et génétiques permettant d’atténuer les impacts négatifs des stress thermiques sur la production, la qualité du lait et le bien-être des animaux.

  • Élaborer la transition alimentaire des bovins laitiers vers des cultivars et des procédés mieux adaptés aux changements climatiques.

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La mise en commun des ressources au sein du regroupement Op+lait assure l'accès à des collections microbiennes exclusives, des ressources techniques, de l'équipement ultra-spécialisé ainsi qu'à des expertises diversifiées. Chaque plateforme est associée à un axe de recherche en qualité du lait et est accessible aux membres ainsi qu'aux étudiants à des fins de perfectionnement ou d'expérimentation.

Plateformes Technologiques

ÉQUIPEMENTS SPÉCIALISÉS DISPONIBLES

Équipements

Responsables

Accès producteurs laitiers clientèle FMV ou externe

MALDI-TOF Biotyper de Bruker

Matériel de base pour études cliniques sur les fermes

Microscope confocal Olympus FV1000 + logiciel Fluoview (Olympus)

Système de microfluidique BioFlux 200

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Banque de souches - bactéries lactiques

Banque de souches pathogènes

Extraction ADN et ARN - PMA

Identification et typage

Laboratoire de niveau de biosécurité 2

PCR en temps réel

Plateforme de simulation in vitro du tube digestif humain et animal incluant microbiote

Séquenceur ABI 3130XL

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CHEF Mapper System de Bio-rad

Cytomètre de flux

Étable de niveau de biosécurité 2

Laboratoire de niveau de biosécurité 2

Microscope à contraste de phase

Microscope à fluorescence EVOS FL auto de Thermo Fisher

PCR en temps réel

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Biomic V3

Chambre anaérobique

MALDI-TOF Biotyper de Bruker

MGIT 960

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Équipements Spécialisés
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